Когда белок извлекается из разрушенных клеток, могут высвобождаться протеазы, которые необходимо быстро ингибировать, чтобы предотвратить разрушение белка. В процессе экстракции белка необходимо добавлять ингибиторы протеаз для предотвращения протеолиза. Ингибитор протеазы в широком смысле относится к веществу, которое связывается с некоторыми группами в активном центре молекул протеазы, в результате чего активность протеазы снижается или даже исчезает, но не денатурирует белок фермента. Чувствительность различных протеаз к разным белкам различна, поэтому необходимо корректировать концентрацию различных протеаз. Поскольку растворимость ингибитора протеазы в жидкости чрезвычайно низка, следует обратить особое внимание на то, чтобы ингибитор протеазы полностью смешивался с буфером, чтобы уменьшить осаждение ингибитора протеазы. Пепстантин А может ингибировать кислые протеазы, такие как пепсин, ангиотензин, коллагеназа, катепсин D и химозин.